田军为此付出了极大的伤亡。
然而小笠原长时的人品实在是太差了一些，就在反武田家形势如此一片大好的情况下，竟然与下伊那郡的国人领主们产生了意见冲突，导致了小笠原信定、知久赖元等人国人领主们先后撤兵离去，致使福与城一带仅剩下小笠原长时和藤泽赖亲两部军势对阵武田军。
六月一日，武田晴信在获得今川义元所派遣的三百余援军援助后，便开始对小笠原长时和藤泽赖亲发起了反攻。很快，板垣信方所部攻落了龙崎城，小笠原长时在兵败地失之后只能逃回了本据林城。至此，藤泽赖亲在失去了唯一的外援后，上伊那郡已经大势已定了。
六月十五日，藤泽赖亲通过武田家重臣今井信甫、小山田信有、穴山信友等人从中调停，向武田晴信献上了誓书和人质，向武田家投降了。不仅如此，在武田晴信的要求下，藤泽赖亲只能烧毁福与城，并退出此城。
随着高远赖继的逃亡以及藤泽赖亲的投降，武田晴信成功的占据了上伊那郡不少领土。武田晴信还趁着小笠原长时败退回林城的时候，乘胜追击，于桔梗原再次大败小笠原军，之后于六月十七日凯旋返回了甲府。
在相继消灭宿敌之后，武田晴信便在信浓诸郡开始了随心所欲的侵攻。往后的绝大多数敌人，都跟武田晴信以往没丝毫的纠葛，都是受到其侵攻的受害者。
一年之后，武田晴信再次尽发领内之军，以倾国之力再度攻入佐久郡，攻向了佐久郡的国人领主大井贞清所据守的内山城。
而大井贞清可不像藤泽赖亲一样有那么多的外援支持，虽然大井一族几乎遍布佐久郡，但是大部分大井一族出身的国人领主们皆在武田军攻入大井领的时候选择了隔岸观火，并没有理会大井贞清的求援。
一开始武田军便相继攻陷大井贞清的岩屋城、村田城等重镇要地，并且将大井家的本据内山城也团团包围了起来。由于内无粮草、外无救兵，大井贞清仅仅只是坚持了十余天就支撑不住，便向武田晴信开城投降了。武田晴信随后任命家臣小山田虎满为内山城的新城主。
尽管大井家向武田家降服了，但是作为大井家家臣的笠原清繁却并没有与其主大井贞清一样向武田家降服。笠原清繁甚至还主动倒向了山内上杉家，妄图在山内上杉家的旗下继续割据志贺城。
随后武田晴信趁着大胜，继续进军攻打没有主动降服并且固守在志贺城的国人领主笠原清繁。但是在笠原清繁严防死守之下，武田晴信对此亦对易守难攻的志贺城是无可奈何。毕竟唇亡齿寒，闻讯的上杉宪政当即组织援军赶来支援志贺城，他以金井秀景（仓贺野十六骑之一，仓贺野秀景）为总大将，率和田家、后闲家、大户家
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